Comparison of Structures of Crystalline Solids Predicted using PM6 with X-Ray (Home)

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277 gamma Glycine

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                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density
                                     X-Ray:     5.48   7.04   8.92 113.23  52.08  90.00    235.1   1.590
                                       PM6:     5.52   6.93   8.94 114.35  50.88  90.71    226.4   1.652
                 X-Ray                               PM6
 
  X-Ray data set:
 MERS=(2,1,2) 1SCF
 gamma_glycineLR_p1_8

  N              0.00000000 +1    0.0000000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
  C              0.89500000 +1   -0.7770000 +1   -2.2000000 +1                  0.0000
  C              0.85400000 +1   -0.9820000 +1   -0.6900000 +1                  0.0000
  H              0.05700000 +1   -0.1070000 +1    1.0570000 +1                  0.0000
  H              0.35700000 +1    0.9660000 +1   -0.2620000 +1                  0.0000
  H             -0.98900000 +1   -0.1150000 +1   -0.2950000 +1                  0.0000
  H              1.85600000 +1   -0.9200000 +1   -0.2610000 +1                  0.0000
  H              0.46300000 +1   -1.9820000 +1   -0.4870000 +1                  0.0000
  O              0.03400000 +1   -0.1470000 +1   -2.7030000 +1                  0.0000
  O              1.77500000 +1   -1.3080000 +1   -2.7600000 +1                  0.0000
  C             -1.56500000 +1    3.3040000 +1    1.4560000 +1                  0.0000
  C             -1.36700000 +1    3.3710000 +1    2.9650000 +1                  0.0000
  H             -1.72700000 +1    2.2430000 +1    4.7130000 +1                  0.0000
  H             -2.80600000 +1    1.9670000 +1    3.3930000 +1                  0.0000
  H             -1.19600000 +1    1.3420000 +1    3.3600000 +1                  0.0000
  H             -1.92100000 +1    4.2080000 +1    3.3940000 +1                  0.0000
  H             -0.30500000 +1    3.5330000 +1    3.1680000 +1                  0.0000
  N             -1.79000000 +1    2.1400000 +1    3.6550000 +1                  0.0000
  O             -1.68100000 +1    2.2430000 +1    0.9530000 +1                  0.0000
  O             -1.54500000 +1    4.3310000 +1    0.8950000 +1                  0.0000
  C              2.22500000 +1   -4.3860000 +1   -5.8550000 +1                  0.0000
  C              2.06800000 +1   -4.2480000 +1   -4.3460000 +1                  0.0000
  H              3.22500000 +1   -3.9960000 +1   -2.5980000 +1                  0.0000
  H              4.00400000 +1   -4.7920000 +1   -3.9170000 +1                  0.0000
  H              3.74000000 +1   -3.0850000 +1   -3.9510000 +1                  0.0000
  H              1.62100000 +1   -5.1460000 +1   -3.9170000 +1                  0.0000
  H              1.39700000 +1   -3.4090000 +1   -4.1420000 +1                  0.0000
  N              3.34600000 +1   -3.9990000 +1   -3.6550000 +1                  0.0000
  O              3.20200000 +1   -3.9560000 +1   -6.3580000 +1                  0.0000
  O              1.32600000 +1   -4.8820000 +1   -6.4160000 +1                  0.0000
  N              0.00000000 +1    0.0000000 +1   -5.4830000 +1                  0.0000
  C              0.89500000 +1   -0.7770000 +1   -7.6830000 +1                  0.0000
  C              0.85400000 +1   -0.9820000 +1   -6.1730000 +1                  0.0000
  H              0.05700000 +1   -0.1070000 +1   -4.4260000 +1                  0.0000
  H              0.35700000 +1    0.9660000 +1   -5.7450000 +1                  0.0000
  H             -0.98900000 +1   -0.1150000 +1   -5.7780000 +1                  0.0000
  H              1.85600000 +1   -0.9200000 +1   -5.7440000 +1                  0.0000
  H              0.46300000 +1   -1.9820000 +1   -5.9700000 +1                  0.0000
  O              0.03400000 +1   -0.1470000 +1   -8.1860000 +1                  0.0000
  O              1.77500000 +1   -1.3080000 +1   -8.2430000 +1                  0.0000
  C             -1.56500000 +1    3.3040000 +1   -4.0270000 +1                  0.0000
  C             -1.36700000 +1    3.3710000 +1   -2.5180000 +1                  0.0000
  H             -1.72700000 +1    2.2430000 +1   -0.7700000 +1                  0.0000
  H             -2.80600000 +1    1.9670000 +1   -2.0900000 +1                  0.0000
  H             -1.19600000 +1    1.3420000 +1   -2.1230000 +1                  0.0000
  H             -1.92100000 +1    4.2080000 +1   -2.0890000 +1                  0.0000
  H             -0.30500000 +1    3.5330000 +1   -2.3150000 +1                  0.0000
  N             -1.79000000 +1    2.1400000 +1   -1.8280000 +1                  0.0000
  O             -1.68100000 +1    2.2430000 +1   -4.5300000 +1                  0.0000
  O             -1.54500000 +1    4.3310000 +1   -4.5880000 +1                  0.0000
  C              2.22500000 +1   -4.3860000 +1  -11.3380000 +1                  0.0000
  C              2.06800000 +1   -4.2480000 +1   -9.8290000 +1                  0.0000
  H              3.22500000 +1   -3.9960000 +1   -8.0810000 +1                  0.0000
  H              4.00400000 +1   -4.7920000 +1   -9.4000000 +1                  0.0000
  H              3.74000000 +1   -3.0850000 +1   -9.4340000 +1                  0.0000
  H              1.62100000 +1   -5.1460000 +1   -9.4000000 +1                  0.0000
  H              1.39700000 +1   -3.4090000 +1   -9.6250000 +1                  0.0000
  N              3.34600000 +1   -3.9990000 +1   -9.1380000 +1                  0.0000
  O              3.20200000 +1   -3.9560000 +1  -11.8410000 +1                  0.0000
  O              1.32600000 +1   -4.8820000 +1  -11.8990000 +1                  0.0000
  N              6.09400000 +1   -3.5190000 +1   -5.4830000 +1                  0.0000
  C              6.98900000 +1   -4.2960000 +1   -7.6830000 +1                  0.0000
  C              6.94800000 +1   -4.5010000 +1   -6.1730000 +1                  0.0000
  H              6.15100000 +1   -3.6260000 +1   -4.4260000 +1                  0.0000
  H              6.45100000 +1   -2.5530000 +1   -5.7450000 +1                  0.0000
  H              5.10500000 +1   -3.6340000 +1   -5.7780000 +1                  0.0000
  H              7.95000000 +1   -4.4390000 +1   -5.7440000 +1                  0.0000
  H              6.55700000 +1   -5.5010000 +1   -5.9700000 +1                  0.0000
  O              6.12800000 +1   -3.6660000 +1   -8.1860000 +1                  0.0000
  O              7.86900000 +1   -4.8270000 +1   -8.2430000 +1                  0.0000
  C              4.52900000 +1   -0.2150000 +1   -4.0270000 +1                  0.0000
  C              4.72700000 +1   -0.1480000 +1   -2.5180000 +1                  0.0000
  H              4.36700000 +1   -1.2760000 +1   -0.7700000 +1                  0.0000
  H              3.28800000 +1   -1.5520000 +1   -2.0900000 +1                  0.0000
  H              4.89800000 +1   -2.1770000 +1   -2.1230000 +1                  0.0000
  H              4.17300000 +1    0.6890000 +1   -2.0890000 +1                  0.0000
  H              5.78900000 +1    0.0140000 +1   -2.3150000 +1                  0.0000
  N              4.30400000 +1   -1.3790000 +1   -1.8280000 +1                  0.0000
  O              4.41300000 +1   -1.2760000 +1   -4.5300000 +1                  0.0000
  O              4.54900000 +1    0.8120000 +1   -4.5880000 +1                  0.0000
  C              8.31900000 +1   -7.9050000 +1  -11.3380000 +1                  0.0000
  C              8.16200000 +1   -7.7670000 +1   -9.8290000 +1                  0.0000
  H              9.31900000 +1   -7.5150000 +1   -8.0810000 +1                  0.0000
  H             10.09800000 +1   -8.3110000 +1   -9.4000000 +1                  0.0000
  H              9.83400000 +1   -6.6040000 +1   -9.4340000 +1                  0.0000
  H              7.71500000 +1   -8.6650000 +1   -9.4000000 +1                  0.0000
  H              7.49100000 +1   -6.9280000 +1   -9.6250000 +1                  0.0000
  N              9.44000000 +1   -7.5180000 +1   -9.1380000 +1                  0.0000
  O              9.29600000 +1   -7.4750000 +1  -11.8410000 +1                  0.0000
  O              7.42000000 +1   -8.4010000 +1  -11.8990000 +1                  0.0000
  N              6.09400000 +1   -3.5190000 +1  -10.9660000 +1                  0.0000
  C              6.98900000 +1   -4.2960000 +1  -13.1660000 +1                  0.0000
  C              6.94800000 +1   -4.5010000 +1  -11.6560000 +1                  0.0000
  H              6.15100000 +1   -3.6260000 +1   -9.9090000 +1                  0.0000
  H              6.45100000 +1   -2.5530000 +1  -11.2280000 +1                  0.0000
  H              5.10500000 +1   -3.6340000 +1  -11.2610000 +1                  0.0000
  H              7.95000000 +1   -4.4390000 +1  -11.2270000 +1                  0.0000
  H              6.55700000 +1   -5.5010000 +1  -11.4530000 +1                  0.0000
  O              6.12800000 +1   -3.6660000 +1  -13.6690000 +1                  0.0000
  O              7.86900000 +1   -4.8270000 +1  -13.7260000 +1                  0.0000
  C              4.52900000 +1   -0.2150000 +1   -9.5100000 +1                  0.0000
  C              4.72700000 +1   -0.1480000 +1   -8.0010000 +1                  0.0000
  H              4.36700000 +1   -1.2760000 +1   -6.2530000 +1                  0.0000
  H              3.28800000 +1   -1.5520000 +1   -7.5730000 +1                  0.0000
  H              4.89800000 +1   -2.1770000 +1   -7.6060000 +1                  0.0000
  H              4.17300000 +1    0.6890000 +1   -7.5720000 +1                  0.0000
  H              5.78900000 +1    0.0140000 +1   -7.7980000 +1                  0.0000
  N              4.30400000 +1   -1.3790000 +1   -7.3110000 +1                  0.0000
  O              4.41300000 +1   -1.2760000 +1  -10.0130000 +1                  0.0000
  O              4.54900000 +1    0.8120000 +1  -10.0710000 +1                  0.0000
  C              8.31900000 +1   -7.9050000 +1  -16.8210000 +1                  0.0000
  C              8.16200000 +1   -7.7670000 +1  -15.3120000 +1                  0.0000
  H              9.31900000 +1   -7.5150000 +1  -13.5640000 +1                  0.0000
  H             10.09800000 +1   -8.3110000 +1  -14.8830000 +1                  0.0000
  H              9.83400000 +1   -6.6040000 +1  -14.9170000 +1                  0.0000
  H              7.71500000 +1   -8.6650000 +1  -14.8830000 +1                  0.0000
  H              7.49100000 +1   -6.9280000 +1  -15.1080000 +1                  0.0000
  N              9.44000000 +1   -7.5180000 +1  -14.6210000 +1                  0.0000
  O              9.29600000 +1   -7.4750000 +1  -17.3240000 +1                  0.0000
  O              7.42000000 +1   -8.4010000 +1  -17.3820000 +1                  0.0000
 Tv              0.00000000 +1    0.0000000 +1  -10.9660000 +1 
 Tv              0.00000000 +1    7.0370000 +1    0.0000000 +1 
 Tv             12.18800000 +1   -7.0380000 +1  -10.9660000 +1 
 
  Optimized PM6 data set:
 MERS=(2,1,2)
 gamma_glycineLR_p1_8

  N        -0.04414315 +1   -0.0103332 +1    0.0603389 +1                      0.0000
  C         0.70601568 +1   -0.8754903 +1   -2.1727741 +1                      0.0000
  C         0.77219677 +1   -1.0465669 +1   -0.6485043 +1                      0.0000
  H         0.00640535 +1   -0.1415536 +1    1.1128306 +1                      0.0000
  H         0.28552278 +1    0.9650474 +1   -0.1727471 +1                      0.0000
  H        -1.04977445 +1   -0.0904808 +1   -0.2310167 +1                      0.0000
  H         1.82702186 +1   -1.0264572 +1   -0.2847053 +1                      0.0000
  H         0.36986331 +1   -2.0671259 +1   -0.3884355 +1                      0.0000
  O        -0.31642728 +1   -0.3216253 +1   -2.6652423 +1                      0.0000
  O         1.64172104 +1   -1.3377203 +1   -2.8556289 +1                      0.0000
  C        -1.47212719 +1    3.2570075 +1    1.4511348 +1                      0.0000
  C        -1.33857751 +1    3.4407839 +1    2.9699502 +1                      0.0000
  H        -1.68292597 +1    2.3507457 +1    4.7598287 +1                      0.0000
  H        -2.81908773 +1    2.0217908 +1    3.5109641 +1                      0.0000
  H        -1.24021807 +1    1.3910335 +1    3.4138810 +1                      0.0000
  H        -1.88148245 +1    4.3468775 +1    3.3260695 +1                      0.0000
  H        -0.25230595 +1    3.6204252 +1    3.2106972 +1                      0.0000
  N        -1.80425835 +1    2.2250317 +1    3.7094096 +1                      0.0000
  O        -1.37737091 +1    2.0851740 +1    0.9919657 +1                      0.0000
  O        -1.61020961 +1    4.2763885 +1    0.7457490 +1                      0.0000
  C         2.24866471 +1   -4.1115770 +1   -5.8310113 +1                      0.0000
  C         2.03515148 +1   -4.0305768 +1   -4.3133391 +1                      0.0000
  H         3.18021737 +1   -3.8848809 +1   -2.5270751 +1                      0.0000
  H         3.97349470 +1   -4.7241231 +1   -3.8020852 +1                      0.0000
  H         3.82786794 +1   -3.0368789 +1   -3.8613294 +1                      0.0000
  H         1.45133499 +1   -4.9062018 +1   -3.9399976 +1                      0.0000
  H         1.40327976 +1   -3.1254484 +1   -4.0831876 +1                      0.0000
  N         3.33461168 +1   -3.9168724 +1   -3.5791162 +1                      0.0000
  O         3.25551583 +1   -3.5316886 +1   -6.3243556 +1                      0.0000
  O         1.39294894 +1   -4.7117751 +1   -6.5120408 +1                      0.0000
  N         0.00176787 +1   -0.1197215 +1   -5.4567000 +1                      0.0000
  C         0.77002906 +1   -0.9920595 +1   -7.6768843 +1                      0.0000
  C         0.83037475 +1   -1.1558075 +1   -6.1509047 +1                      0.0000
  H         0.05157909 +1   -0.2368174 +1   -4.4025993 +1                      0.0000
  H         0.32260099 +1    0.8557002 +1   -5.7008366 +1                      0.0000
  H        -1.00258971 +1   -0.2146908 +1   -5.7490810 +1                      0.0000
  H         1.88267007 +1   -1.1259275 +1   -5.7811230 +1                      0.0000
  H         0.43570947 +1   -2.1771777 +1   -5.8857388 +1                      0.0000
  O        -0.25752978 +1   -0.4541222 +1   -8.1754949 +1                      0.0000
  O         1.71651312 +1   -1.4414560 +1   -8.3532960 +1                      0.0000
  C        -1.43951181 +1    3.1636263 +1   -4.0675886 +1                      0.0000
  C        -1.28969471 +1    3.3489728 +1   -2.5499291 +1                      0.0000
  H        -1.58985525 +1    2.2593158 +1   -0.7534342 +1                      0.0000
  H        -2.74249092 +1    1.9123867 +1   -1.9809506 +1                      0.0000
  H        -1.15602075 +1    1.3012990 +1   -2.1023050 +1                      0.0000
  H        -1.84421341 +1    4.2464452 +1   -2.1892676 +1                      0.0000
  H        -0.20376638 +1    3.5447014 +1   -2.3237127 +1                      0.0000
  N        -1.72713885 +1    2.1287829 +1   -1.8006430 +1                      0.0000
  O        -1.33968631 +1    1.9931894 +1   -4.5291098 +1                      0.0000
  O        -1.59357567 +1    4.1832200 +1   -4.7688802 +1                      0.0000
  C         2.30494168 +1   -4.2072609 +1  -11.3519491 +1                      0.0000
  C         2.08356890 +1   -4.1055554 +1   -9.8362352 +1                      0.0000
  H         3.21352684 +1   -3.9575844 +1   -8.0418675 +1                      0.0000
  H         4.01227587 +1   -4.8094951 +1   -9.3048572 +1                      0.0000
  H         3.87850438 +1   -3.1208885 +1   -9.3753425 +1                      0.0000
  H         1.48740563 +1   -4.9708643 +1   -9.4578598 +1                      0.0000
  H         1.46107195 +1   -3.1898104 +1   -9.6216932 +1                      0.0000
  N         3.37761800 +1   -3.9967024 +1   -9.0922684 +1                      0.0000
  O         3.31261129 +1   -3.6316320 +1  -11.8489810 +1                      0.0000
  O         1.45339226 +1   -4.8176220 +1  -12.0291923 +1                      0.0000
  N         6.04097094 +1   -3.5555954 +1   -5.4493921 +1                      0.0000
  C         6.80157537 +1   -4.4113162 +1   -7.6821520 +1                      0.0000
  C         6.86685493 +1   -4.5844711 +1   -6.1579807 +1                      0.0000
  H         6.08806819 +1   -3.6905660 +1   -4.3972692 +1                      0.0000
  H         6.36581750 +1   -2.5778449 +1   -5.6777044 +1                      0.0000
  H         5.03692769 +1   -3.6413939 +1   -5.7459178 +1                      0.0000
  H         7.92079800 +1   -4.5563215 +1   -5.7922959 +1                      0.0000
  H         6.47205463 +1   -5.6081804 +1   -5.9002925 +1                      0.0000
  O         5.77579207 +1   -3.8626734 +1   -8.1731850 +1                      0.0000
  O         7.73961520 +1   -4.8682438 +1   -8.3652094 +1                      0.0000
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